陷后，朝鲜使者无法从陆路出使大明，改走海路基本都要从皮岛经过。而辽东汉人逃至朝鲜之后，也有很多人涌入皮岛这处名义上仍属大明的地方避难。但这岛上因为耕地面积极为有限，难以负担粮饷供应，所以只能依靠登莱、天津和朝鲜国提供粮食支援。
1629年毛文龙被蓟辽督师袁崇焕处死，由副总兵陈继盛接任，翌年刘兴治发动兵变杀死陈继盛，并与后金皇太极秘密结盟。但这家伙也没能就此飞黄腾达，一年之后皮岛再次发生兵变，刘兴治死于乱军之中。之后由都督佥事黄龙赴皮岛接任，只是兵变并未就此停止，同年就发生了第三次兵变。
之后黄龙移镇旅顺，配合山东打击在登州发动兵变的孔有德、耿仲明、李九成等人。但1633年孔有德引后金军攻破旅顺，黄龙兵败自杀。山东方面自顾不暇，这皮岛也就成了被人遗忘的所在。