失地矫诏十二条大罪杀了毛文龙，却直接导致了当地驻军军心涣散，以至于后来出现了叛国投敌的情形。
袁崇焕杀毛文龙的时候，大概也没想到他这种无视皇命的举动会成为自己日后的催命符之一。仅仅半年之后，袁崇焕便因为指挥不力而被下了狱。第二年八月，就因为擅自与清军议和、擅杀毛文龙两条罪名被判了凌迟，而且家人流徙三千里，家产全部抄没，可谓是家破人亡的结局。
对于袁崇焕的争论，在另一个时空中持续了数百年，有人认为他是民族英雄，有人认为他是私通满清的卖国贼。不过宁崎也无意在这里挑起争论，而是一句带过，直指问题重点：“今年下半年，后金会兵分三鹿，从大安口、龙井关、洪山口攻入关内，一直打到京城。虽说年底的时候他们还是退兵了，不过这次入关也还是给大明造成了极大的损失和影响。如果要和大明达成军事上的合作，我建议可以考虑一下应该如何利用今年下半年北方的军事动向。”